在无菌喷雾干燥系统中，所有进入系统的物料和空气都必须除菌。产品的收集也必须在无菌室内进行，为此对需喷雾料液要经过滤除菌后方能送至喷雾器，对喷雾用的压缩空气也需净化后方能使用。（上列二项用户自理）
干燥用空气经初效、中效过滤器，过滤器过滤后得净化空气，再经过加热器升温去喷雾干燥器。干燥后的成品和空气去旋风分离器分离。成品在无菌室净化工作台收集包装。尾气经袋滤器净制后排空。