广东南方船务有限公司创立于1993年，是原广东省航运学校直属，由广东省交通厅领导的骨干水运企业之一。公司作为学校驾驶，轮机，电信等水上专业的实习基地，为广东及港澳各港航企业，航运主管部门培养了大批的船员和干部。

2009年为适应市场竞争，进一步把品牌做强做大，根据国家教育部，省交通厅和财政厅的有关规定，公司进行了改制和业务重组。转型后的南方船务从广东再出发，将发展现代物流服务确定为基本方向，不断地将服务网络延伸至全中国。