北大附中深圳南山分校创办于2000年，是北京大学附属中学与深圳市南山区教育局为满足社会对优质教育的需求而合作兴办的高标准、高起点、高品质国有民办学校。学校坐落在深圳特区内，所处南山区为深圳市文化中心、科技中心、旅游中心和物流中心，是广东省首个教育强区，全国课程改革首批实验区。学校传承北京大学“兼容并包”的人文精神，融合北大附中“宽松和谐”的管理思想，十分重视教师的专业发展，为每一位有志于特区创业的教师搭建了绿色平台，是每一位教师实现教育理想和生命价值的精神家园。
学校已晋升为广东省一级学校，现有69个教学班2380名学生。