二十一世纪国旅全称为“北京二十一世纪国际旅行社有限公司”，于2006年10月经中国国际青年交流中心主任办公会批准筹备，并由中日青年交流中心作为投资人注资人民币350万元设立，是中日青年交流中心的全资子公司。2007年6月1日旅行社经北京市旅游局批准，于7月20日在朝阳区工商行政管理局登记注册，正式成立。