北京市水产科学研究所成立于1958年，2004年经国家科技部批准建立了“国家淡水渔业工程技术研究中心”，隶属于北京市农林科学院，为公益一类科研事业单位。水产所本部位于丰台区角门路18号，另有小汤山良种开发中心、延庆玉渡山冷水鱼基地、房山十渡鱼类繁育基地、良乡生物渔药研发中心、河北滦平水产试验基地共五个试验基地，占地总面积21公顷。
水产所技术力量雄厚，拥有100余人的科研技术队伍，中高级以上技术人员占76%。建所以来，共完成国家863、省部级重点科技攻关、推广等项目200余项，取得了100多项科技成果，其中60余项科研成果获得了国家、农业部和市政府的奖励。为解决首都“吃鱼难”的问题做出了重要贡献，为保障北京水产食品安全发挥了重要作用，对本市乃至全国渔业行业科技进步及渔业质量和效益的提高起到了重要推动作用。