北京同仁堂创建于1669年（清康熙八年），自1723年开始供奉御药，历经八代皇帝188年。在300多年的风雨历程中，历代同仁堂人始终恪守炮制虽繁必不敢省人工，品位虽贵必不敢减物力的古训，树立修合无人见，存心有天知的自律意识。造就了制药过程中谨慎小心，精益求精的严细精神，其产品以配方独特，选料上乘，工艺精湛，疗效显著而享誉海内外。
同仁堂作为中国著名商标，品牌优势得天独厚。参加了马德里协约国和巴黎公约国的注册，受到国际组织的保护。在世界50多个国家和地区办理了注册登记手续。
1992年经北京市政府批准，中国北京同仁堂集团公司组建成立。1997年独家发起设立北京同仁堂股份有限公司。2000年，北京同仁堂股份有限公司分拆出1亿元科技含量较高的绩优资产，组建北京同仁堂科技发展股份有限公司，成为全国首批用同一国有资产进行两次融资的企业，并在香港上市被业内称为同仁堂模式。同仁堂科技发展股份有限公司的股票一直是香港创业板表现好的股票之一。
九五以来同仁堂一直保持着年均20%左右的曾长速度。2004年同仁堂资产达63亿元。销售额50亿元，实现利润3.4亿元。目前同仁堂销售终端网络遍及海内外。2004年投资6亿元在北京亦庄开发区建立股份公司和科技公司生产基地及物流陪送中心。
在全国中药住产地，同仁堂拥有按国家GAP标准合资建设的绿色中药材种植基地，总投资5800万元。同仁堂将在主要产品实现原料基地化供应的基础上，进而形成药材的生产商和市场的供应商。
2001年与国务院发展研究中心合作，制定同仁堂未来10年发展规划，本着运行，各有侧重，资源共享，整体发展的原则，与之配套的1032工程也已取得实质性进展。10是指含两个上市公司再内的10大公司；32是指两个院（同仁堂研究院和同仁堂中医院），2个基地（在亦庄的股份公司基地和科技公司基地）。2个中心（同仁堂培训中心和信息中心）。目前，同仁堂基本形成了制药工业，零售商业，医疗服务三个板块的产业布局。面对世界一体化的新形势，同仁堂的发展战略定位是：以现代中药为核心，发展生命健康产业，成为国际驰名的中药集团。
北京同仁堂股份有限公司，为了落实集团公司：机制创新，发展创新和文化创新的要求，同时也是为了更好的适应当前的市场环境，于今年5月份建立了新的营销公司，现新的营销公司（同仁堂股份有限公司营销分公司）向社会广纳贤才。