枫溪二小校址原在枫溪大巷大夫第，办学始于1963年9月.“文化大革命”期间的1969年，枫溪集镇内学校统一合办成一个“五七”学校，大夫第改为第二分教处。1964年秋，为满足广大陶瓷职工培养后一代的强烈要求，由陶瓷系统主办“陶瓷职工子弟学校”.校址在原枫二村瓷厂，同时在宫后、三角埕和长美设立了三个分教点，共有16个班的办学规模。1977年，因教育布局的重新调整，陶瓷职工子弟学校小学部并入大夫第分教处，同时复名枫溪镇第二小学；时设于元合内、由商业系统主办的学校改名枫溪镇**小学；设于五房祠的“五七”学校**分教处改名枫溪镇第三小学；长美分教点改为枫溪镇第四小学（后并入长美小学）。随后，各校的其它分教点随校本部校舍扩建而逐渐归并撤销。

1983年，由枫溪镇政府主持，在枫一村的支持下，易地另建二小新校园，并于1984年9月从大夫第迁至现址太合兴路1号。1986年9月，元合内之枫溪镇**小学并入五房祠之枫溪镇第三小学。1988年9月，三小迁入二小现址，两校合并成新的枫溪镇第二小学。

1995年12月，枫溪建制由镇改区，遂更名：枫溪区第二小学。

2008年9月，与枫溪小学合并成新的枫溪小学，成为枫溪区规模大的学校。