东莞市知识产权保护协会是2005年12月由东莞市民间组织管理局和东莞市科技局(知识产权局)批准予以成立的地方社团组织，2006年经过依法进行筹备和选举工作，正式成立并开展运作的专业性社团组织。
协会理事会设协会秘书处，负责协会日常运作。秘书处下设会务综合管理部、专利信息检索及预警室、专利资助工作组、公共关系部(宣传特刊、网站管理)、会员法律援助中心等机构，主要负责宣传相关法律、法规和政策；举办各种促进知识产权事业的相关活动；提供相关服务和编辑会刊。