“中心”内部设立了财经委员会、文化事业委员会、两岸交流委员会、委员会、海西创业团和秘书处等重要机构。在对外合作交流方面，“中心”和共青团合作成立了青年创业指导委员会，与福建省政府发展研究中心、上海交大合作创办了“海峡论策”品牌论坛。中心各机构围绕海峡、经济、文化、协作方面开展工作，致力于打造“海峡智库平台”，并积极促进海峡两岸之间的经济文化合作和交流。
福建海峡经济文化协作交流中心的主要工作为：开展经济文化项目对接，举办论坛、讲座、研讨会等活动服务；为企事业单位提供人才培训、信息技术咨询，提供经营、管理、法律、公共关系等方面的咨询顾问服务福建海峡经济文化协作交流中心的使命是通过开展以上业务活动为福建的社会经济发展提供参谋，以促进福建的经济、文化的全面协调可持续发展；同时充分发挥经济、文化的桥梁纽带作用，促进海峡两岸及省内外各区域之间的经济文化合作与交流。