广西壮族自治区水文水资源局成立于1956年1月，为自治区水利厅管理的相当副厅级参照公务员法管理事业单位，增挂广西壮族自治区水环境监测中心牌子，负责组织实施管理全区水文工作。
广西壮族自治区水文水资源局内设机构有办公室、人事处、计划财务处、站网监测处、水情处、水质监测处（水资源评价处）以及机关党委、监察室，下辖南宁、柳州、桂林、梧州、贵港、玉林、百色、贺州、河池、来宾、崇左市水文水资源局（增挂××市水环境监测中心）和广西沿海水文水资源局（增挂广西沿海水环境监测中心）。