截至2011年，高淳区拥有普通中学15所，其中：高级中学4所，初级中学10所，九年一贯制学校1所。拥有职业中学1所。拥有特殊教育学校1所。拥有小学31所，教学点13个。2011年，全区普通中学、小学和职业中学在校人数分别为16829人、18185人和3001人，分别比2010年减少1944人、增加331人和减少275人。特殊教育学校在校人数110人。拥有幼儿园33所，在园幼儿9856人。初中学生升学率为96.6%。