2007年８月１１日，妈祖故里的福建省莆田市湄洲妈祖中学与台北县万里中学签下缔结为姐妹学校的协议，双方将秉承妈祖博爱、和谐精神，促进教学水平的提高，推动海峡两岸教育文化的深入交流。

两校签署的协议规定：双方今后将在日常教学活动中，开设介绍海峡两岸情况的课程，在适当的时间互派教师或学生进行学习访问；进行管理人员的互访、考察、联谊交流，利用假期定期或不定期举办学生联谊活动；定期或不定期交流互赠有关中华传统文化、妈祖文化、中学教育教学等方面的学术成果和典籍、书刊等。

同时，两校还将借助互联网等技术平台开展远程教育交流合作；根据各自的办学特点和优势，在经济、文化、信息等资源方面相互协助等。