学校实行校长负责制。校长是学校高行政负责人，在县委、县政府的领导下，全面主持学校工作。对外代表学校，对内领导学校的教育教学、行政管理、后勤财务等各项工作。具有工作的决策权、指挥权、人事权、财政权，对全校工作负全责。校长在国家教育方针、政策、法律、法规指导下履行校长岗位职责，党支部对学校目标的实现起监督保证作用。
学校职能
濮阳县第二中学坚持社会主义办学方向，实行的校长负责制。充分发挥党组织的政治保证作用和工会的民主监督作用。学校致力于培养有理想信念和实践能力，有开放意识和国际胸怀，有爱国心、报国心、民族魂、强国才的复合型人才。
主要机构
校下设办公室、教务处、政教处、教研室、总务处、工会、团委等处室，对学校的各项工作进行具体管理。
办公室：负责协调学校各方面的关系，对教育教学及管理工作提出意见和建议，归纳、综合、分类、整理各项工作策略及时反馈给学校领导，帮助领导部署和指导学校各项工作。
教务处：积极推进素质教育，重视对学生实施全面的教育，切实按照国家颁布的教学大纲和工作计划，保证学生得到全面的教育。认真按照学校的工作意见，制定对学生实施全面教育的工作计划和实施方案。
政教处：负责对学生日常管理和德育教育，组织学生开展各项课余活动，如每年对高一新生进行军训，高三学生举行成人仪式，定期请校外辅导员来校作专题报告等，对学生进行革命传统教育和法制教育。
教研室：负责学校教、科、研工作，深化教育教学内容、方法、方式等方面的改革，结合学校实际和学科特点认真开展教科研工作，加强对教职工的信息技术的培训。
总务处：负责后勤工作，坚持“以教学为中心”，积极开展工作，做到了“管理育人，服务育人”。积极为师生排忧解难，勤俭持校，严格执行财务纪律，开源节流，创办校办企业。
濮阳县二中历年高考捷报频传，硕果累累，升入国家大学学生众多，升入各类本科的毕业生不计其数，为社会培养了大量人才。
从二中毕业的莘莘学子不负重望，相继走向各种工作岗位，成为社会的中坚力量。
