财务管理中心的主要职能是承担卫生局财务管理与会计核算的各项具体事务性工作，如：卫生局专项资金的管理与核算，全市卫生事业费的决算汇总与分析，突发应急事项有关财务数据的统计汇总，卫生局督察检查工作中有关财务方面的检查，卫生局所属单位的票据管理，收支两条线管理，卫生局基本建设帐户和治理商业贿赂帐户的管理与核算，卫生系统会计人员继续教育培训等。